科研产出
基于RNA-Seq技术的茶树响应高温胁迫转录组差异性分析
《分子植物育种 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为探索茶树响应高温胁迫的分子生理学机制,本研究通过转录组和数字基因表达谱技术,对高温胁迫前后的'福鼎大白茶'、'早白尖5号'两组茶树的差异表达进行分析,并基于转录组数据筛选鉴定茶树中与适应高温胁迫相关的保护基因和调控基因.结果显示,项目共测序获得53.7 Gb数据,组装并去冗余后获得的各样本Unigene均超过60 976条,总长度,平均长度,N50以及GC含量分别大于53 974 945 nt,840 nt,1 411 bp和41.36%.使用Blast将Unigene比对到七大功能数据库进行注释,在核苷酸序列信息库(nucleotide collection, NT)中被注释的Unigene序列最多,有109 581 (63.53%)条;高温胁迫后,'福鼎大白茶'高温胁迫(fuHT) vs'福鼎大白茶'常温对照(fuCK)和'早白尖5号'高温胁迫(zaoHT) vs'早白尖5号'常温对照(zaoCK)两个比较组分别筛选获得5 256和5 765个差异性表达基因,其中'福鼎大白茶'上调基因4 379个,下调877个,'早白尖5号'上调基因4 997个,下调768个.将差异基因按GO功能分类,'福鼎大白茶'、'早白尖5号'高温胁迫后差异基因均富集到41个类别中,分属于GO功能分类体系的生物学过程、细胞组分和分子功能.将差异基因进行KEGG功能分析,'福鼎大白茶'、'早白尖5号'两个对比组显著富集的代谢通路(pathway)前3名均为代谢途径、内质网中的蛋白质处理、次级代谢物的生物合成.选取17个在高温胁迫后被诱导的基因,利用实时荧光定量PCR (qRT-PCR)对高通量测序数据进行验证,证明测序结果真实可靠.本研究筛选出大量与高温胁迫相关的响应基因,为下一步耐热茶树新品种的选育提供了更多的理论参考.
关键词： 茶树(Camellia sinensis) 高温胁迫 转录组测序 差异表达基因 qRT-PCR
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梨黑斑病抗病相关基因PpEMS1的克隆与分析
《生物技术通报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：克隆梨抗病相关基因,并对其在梨黑斑病抗病防御中的作用进行初步分析.基于同源基因克隆方法从"黄冠梨"中克隆获得一个预测为受体样蛋白激"酶EMS1的基因,暂命名为PpEMS1.利用生物信息学、Southern Blot、亚细胞定位和实时荧光定量PCR技术对该基因进行分析.结果表明,该基因CDS全长3894 bp,编码1296个氨基酸,开放阅读框3891 bp.Southern Blot分析表明,在"黄冠梨"、"黄花梨"、"翠玉梨"中,该基因都以单拷贝形式存在,在"爱宕梨"中以多拷贝形式存在.亚细胞定位结果显示,融合蛋白在细胞膜和细胞核均有表达.荧光定量PCR分析表明,接种黑斑病菌1、2、3、4、5、6、7和8 d后,在"黄花梨"和"爱宕梨"中该基因表达均呈现先上升后下降的趋势.推测该基因可能与梨黑斑病抗性相关.
关键词： 梨 PpEMS1 SouthernBlot 荧光定量PCR 亚细胞定位
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重庆黄瓜病毒病病原分子鉴定及序列分析
《农业生物技术学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：黄瓜(Cucumis sativus)是世界范围内广泛分布的蔬菜,也是重庆主要经济作物之一。然而2013年以来,在重庆主要黄瓜种植区保护地及露地栽培的黄瓜上陆续发现病毒病症状植株。为明确采自重庆的5份表现植株矮化、叶片皱缩并有花叶、叶片扭曲的黄瓜病毒病的病原,利用11种常见蔬菜病毒特异引物,对样品进行了RT-PCR检测。检测结果表明,从黄瓜样品中扩增到了黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)、南瓜花叶病毒(Squash mosaic virus,Sq MV)、芜菁花叶病毒(Turnip mosaic virus,Tu MV)、西瓜花叶病毒(Watermelon mosaic virus,WMV)和小西葫芦黄花叶病毒(Zucchini yellow mosaic virus,ZYMV)5种病毒,且均为4种及以上病毒的复合侵染。通过PCR、克隆和测序等技术获得WMV和ZYMV外壳蛋白(coat protein,CP)核苷酸序列,对序列进行了系统进化分析。结果表明,WMV重庆分离物WMV-H3与已报道的WMV各分离物CP核苷酸相似性在92.3%~96.9%,并与新疆哈密瓜(Cucumis melo var.saccharinus)上WMV-T-2-9相似性最高,为96.9%;ZYMV重庆分离物ZYMV-H3与安徽合肥分离物ZYMV-Hefei核苷酸相似性最高,为97.7%,与国内外已报道的ZYMV各分离物CP核苷酸相似性在93.0%~97.7%。系统进化树分析表明,44个WMV分离物被划分为5个基因型,WMV-H3属于基因型Ⅲ,WMV遗传变异与地理来源及寄主均存在一定的相关性,且与地域的相关性更强;80个ZYMV分离物被划分为6个基因型,ZYMV-H3属于基因型Ⅲ,ZYMV分离物分布具有一定地域分化。本研究首次研究了Sq MV、WMV和ZYMV在重庆地区黄瓜上的侵染危害,明确了重庆地区黄瓜上的病毒种类及进化起源,为进一步研究黄瓜病毒病分布及有效防控提供了理论依据。
关键词： 黄瓜病毒病 RT-PCR 复合侵染 外壳蛋白(CP)基因 系统进化分析
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“班菲”脐橙果皮油斑病相关基因的分析
《食品科学 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：柑橘油斑病作为一种普遍发生的柑橘病害,严重影响着果实的外观和商品价值。以晚熟脐橙"班菲"为材料,利用抑制差减杂交技术分别构建油斑病诱导的正反向cDNA文库。文库插入片段多在100~700bp之间,从正反向文库中各随机挑取了150个菌液PCR检测为阳性的克隆进行测序,成功获得了有效ESTs序列292条。通过BLASTx序列比对,有165条ESTs找到了55个基因的同源序列,且E值小于1.0×10-3。GO功能归类结果表明:这些差异表达的ESTs主要涉及氧化还原、抗逆防御、生物和非生物胁迫等多种相关的生物学过程,推测油斑病的形成与氧化胁迫有关。
关键词： 柑橘油斑病 抑制性差减文库 差异表达基因 氧化胁迫 实时定量PCR
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