科研产出
重庆地区辣椒疫霉生理小种组成和群体遗传多样性分析
《植物病理学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：本研究采用平板对峙培养、鉴别寄主灌根接种和微卫星分子标记等方法，对2019和2020年采集自重庆市的66株辣椒疫霉（Phytophthora capsici）进行交配型、生理小种组成和群体遗传多样性分析。交配型检测结果显示A1交配型有13株，A2交配型有53株。生理小种鉴定结果显示42株P.capsici中有11株race1、28株race2、1株race3和2株race6（超级毒性小种）。利用6个已报道的微卫星分子标记位点对所有P.capsici菌株进行群体变异分析，共计获得59个不同的基因型；来自重庆地区11个P.capsici地理群体的有效等位基因数Ne为1.786～2.881,期望杂合度He为0.352～0.577,Shannon-Wiener指数H为1.242～2.079,多态标记百分率为83.33%～100%,群体之间的基因交流频繁（Nm=0.133～7.680）,总群体的遗传分化处于中等水平(FST=0.113)。以上结果表明P.capsici在重庆各区县的遗传变异程度不同，总群体内杂合子过剩，具有丰富的遗传多样性。各地理群体的交配型组成、固定系数以及Hardy-Weinberg平衡和连锁不平衡检验提示重庆地区P.capsici可能同时存在无性和有性繁殖。AMOVA分析结果显示遗传变异主要来自群体内部。主成分分析（DAPC）表明重庆地区P.capsici菌株间存在明显差异，可划分为2个类群。Structure分析显示重庆地区P.capsici可能来自两个不同的祖先群体。上述有关重庆地区P.capsici有性生殖、生理小种组成和群体遗传结构等方面的研究结果为该地区辣椒疫病的防控奠定了基础。
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我国茶毛虫及其布尼亚病毒(EpBYV)的遗传多样性分析
《茶叶科学 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：茶毛虫是一种危害茶叶生产的重要害虫和人类皮肤致敏原，布尼亚病毒在茶毛虫的不同地理种群中广泛分布，研究茶毛虫与茶毛虫布尼亚病毒（Euproctis pseudoconspersa bunyavirus,EpBYV）遗传背景可为更好地防治茶毛虫和开发利用病毒资源提供理论支撑。采集了15个地理种群共148个茶毛虫幼虫样本，测定了茶毛虫的COI、ND5序列及EpBYV的RdRp序列，利用软件DnaSP 6.12.03、Arlequin 3.5.2.2和MEGA 7.0.26等进行遗传多样性分析。合并COI、ND5序列分析发现，茶毛虫的15个地理种群具有较高的单倍型多样性（h=0.880 68）和较低的核苷酸多样性（π=0.003 17）,99个种群对间遗传分化显著较高（FST>0.290,P<0.05）,AMOVA分析显示遗传变异主要来自于种群之间（87.12%），且组间分化与我国地势第二、三级阶梯分界吻合，种群历史动态分析推测茶毛虫总群体在近期较为稳定。EpBYV的RdRp序列在除重庆城口种群外的138个样本中成功扩增，具有较高的单倍型多样性（h=0.935 26）和相对较低的核苷酸多样性（π=0.017 95）,93个种群对间遗传分化显著较高（FST>0.257,P<0.05），遗传变异主要来自于种群之间（62.13%），种群历史动态分析支持EpBYV种群近期经历了种群扩张事件。综合研究结果表明，我国茶毛虫总群体在近期将较为稳定，但在重庆城口和福建宁德有种群扩张风险；EpBYV群体经历了种群扩张，EpBYV在茶毛虫群体中的感染率和种群扩张能力都较高，具有应用于茶毛虫生物防治的潜力。
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基于COI基因解析我国茶网蝽种群遗传多样性和遗传结构
《茶叶科学 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：茶网蝽(Stephanitis chinensis)是我国西南茶区的重要害虫,近年有入侵成灾事件发生.为解析茶网蝽的生态适应机制和成灾规律,测定了茶网蝽12个种群共240头成虫COI基因序列,利用DnaSP 6.12.03、Arlequin 3.5.2.2、MEGA 7.0.26等软件进行了遗传分化程度、基因流(Nm)以及分子变异情况的分析.结果显示,茶网蝽12个地理种群的240条COI基因序列共包含75个变异位点和38个单倍型,其中仅Hap13是共享单倍型.茶网蝽总群体的单倍型多样性指数(Hd)为0.82779,地理种群的Hd在0.00~0.85,总群体的遗传分化固定系数(FST)为0.86426,Nm为0.03987,表明我国茶网蝽群体遗传分化程度较高,基因交流较小.重庆城口、重庆巫溪、湖北恩施、湖北十堰、陕西汉中等5个种群相互之间遗传分化程度较低,基因交流频繁(FST<0.06,Nm>4.50),其他种群对之间分化程度较高,基因交流较少(FST>0.25,Nm<1.00).分子变异分析(AMOVA)支持遗传分化主要来自于不同地理种群之间(86.43%).Tajima's D和Fu's Fs中性检验支持重庆巴南、湖北恩施种群以及大巴山脉周边群体发生过种群扩张事件.本研究分析推测我国茶网蝽兼具入侵种群扩张成灾和原始种群扩张成灾的风险,建议有茶网蝽发生的茶区和大巴山脉周边茶园加强对该害虫的监测工作.
关键词： 茶网蝽 地理种群 COI基因 遗传多样性 遗传结构
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重庆小豆种质资源的遗传多样性分析及白粉病抗性鉴定
《四川农业大学学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：[目的]研究小豆种质资源丰富的多样性,为遗传育种研究提供重要的物质基础以及抗白粉病种质资源的筛选.[方法]通过遗传多样性分析、主成分分析和聚类分析连续两年对参试材料开展白粉病抗性鉴定.[结果]各性状的遗传多样性排序为:株高>成熟期>底荚高度>单株荚数>荚长>百粒重>开花期>荚宽>主茎节数>单荚粒数>分枝数>粒色>荚形>粒形>复叶叶色>生长习性>结荚习性>花色>复叶叶形>主茎色>叶脉色>叶柄色.聚类分析将59份参试材料划分为5个类群,第Ⅰ类群包含16份材料,第Ⅱ类群共包含4份材料,第Ⅲ类群共包含2份材料,第Ⅳ类群共包含31份材料,第Ⅴ类群共包含6份材料.根据主成分分析结果绘制的三维散点图中,前3个主成分将59份种质资源大致分布在两个区域,分布在图像左侧的材料多为直立型材料,而分布在右侧的材料多为半蔓生型材料.抗性鉴定结果表明,重庆地区的小豆种质资源的白粉病抗性平均处于感病水平,仍从中筛选出高抗材料6份,抗病材料4份.[结论]通过聚类分析将重庆地区小豆种质资源被划分为5个类群,经田间诱导发病鉴定,从59份种质资源中筛选出6份高抗材料,抗病材料4份.
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砧用茄子种质遗传多样性分析及抗病性鉴定
《植物遗传资源学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：对70份砧用茄子种质资源的19个植物学性状进行调查,通过遗传多样性分析、主成分分析和聚类分析,及青枯病、根结线虫病、黄萎病等茄子生产中3种主要土传性病害的抗性鉴定,对现有砧用茄子种质进行评价,以期为茄子砧木育种提供理论和实践依据.遗传多样性分析结果表明:19个植物学性状的变异系数介于15.90%~73.05%,平均为46.11%,遗传多样性指数介于0.325~2.008,平均为1.155,其中,单果重变异系数最高(73.05%),主茎粗的遗传多样性最丰富,指数为2.0083.主成分分析结果显示:特征值大于1的主成分有7个,累计贡献率76.55%,其中,第4主成分(植株刺因子)、第5主成分(茎粗因子)与嫁接操作便利度和植株生长势相关.聚类分析将参试种质分为3个类群:第I类群和第Ⅲ类群全是栽培种,但主茎色、叶缘、果色、果实大小等性状差异明显;第II类群包含4份栽培种和20份野生近缘种,主茎粗最高(20.42 mm),果实最小(平均果长3.79 cm、果粗4.60 cm、单果重73.38 g).抗病性鉴定筛选出高抗青枯病种质22份、高抗根结线虫病种质11份、高抗黄萎病种质7份,其中,高抗青枯病和根结线虫病的种质3份(BW9、LJ-7、Ng1-052),高抗根结线虫病和黄萎病的种质4份(Ng1-003、喀西茄、蒜芥茄、水茄),这些种质可为茄子抗病育种提供抗源.最后,根据植物学性状和抗病性鉴定结果,筛选出生长旺盛、嫁接操作方便的多抗栽培种种质3份(LJ-18、Ng1-015和Ng1-013),为培育优质、多抗茄子砧木奠定基础.
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重庆大巴山区野生猕猴桃资源调查和遗传多样性分析
《植物遗传资源学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：为探讨重庆大巴山区野生猕猴桃资源的分布现状和遗传多样性,进一步保护和挖掘有价值的野生种质资源,本试验在重庆大巴山野生猕猴桃聚集区开展实地调查、采集,重点分析该地区野生猕猴桃果实特异性和多样性。结果显示:重庆大巴山野生猕猴桃集中分布在海拔978~1758 m的高山上,以中华、美味及两者混杂类型分布为主,另有软枣、显脉和硬齿猕猴桃等野生资源分布,该区域以城口县野生猕猴桃资源最为丰富。果实性状分析显示了重庆大巴山野生猕猴桃有着丰富的表型性状多样性,SSR标记从DNA层面也印证了这一点。采集的41个野生资源按成熟期分类可分成3类:早熟资源5个、中熟资源34个和晚熟资源2个。有14个资源的可溶性固形物达到15%以上,4个资源的VC含量达到200 mg/100 g以上。另外,根据资源特异性筛选出5个有较高应用价值的野生资源。重庆大巴山地区蕴含的丰富野生猕猴桃资源可为猕猴桃人工驯化、品种改良提供种质资源。
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我国烟草赤星病菌遗传多样性的ISSR分析
《植物保护学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：为明确我国烟草赤星病的2种主要致病菌链格孢菌Alternaria alternata和长柄链格孢菌A.longipes的地理差异与遗传结构,采用ISSR标记对分离自9个省市的135株烟草赤星病菌进行遗传多样性分析。结果显示,通过正交优化试验建立的烟草赤星病菌ISSR-PCR最佳反应体系稳定性较好,筛选出17条多态性高且稳定的引物,共扩增出192条谱带,其中有177条具有多态性,多态率为92.19%。UPGMA聚类分析结果显示,链格孢菌和长柄链格孢菌的遗传相似性系数分别在0.67~1.00和0.66~1.00之间,遗传相似性系数为0.83时可使链格孢菌和长柄链格孢菌分别划分为5个和6个亚群,其中前者不同地理种群间表现出地理相关性,后者不同菌株随机分组。烟草赤星病菌种群的基因多态性和遗传多样性丰富,链格孢菌和长柄链格孢菌的群体间遗传分化系数分别为0.36和0.37,均存在遗传分化;群居每代迁移数分别为0.89和0.85,不同地理种群间存在基因交流;2种烟草赤星病菌的遗传分化结构表现出相似性。表明我国烟草赤星病菌中的链格孢菌和长柄链格孢菌均存在丰富的遗传多样性,且二者进化方向相似,ISSR标记能较好地揭示烟草赤星病菌种群间的亲缘关系和遗传差异性,可用于其遗传多样性分析。
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萝卜种质遗传多样性的ISSR,RAPD与RAMP分析
《西南农业学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：采用ISSR、RAPD与RAMP 3种分子标记,对来自国内外的32份萝卜种质亲缘关系与遗传多样性进行分析。ISSR、RAPD与RAMP标记多态性比率分别为84.1%、86.2%及92.6%,平均每个引物产生多态性条带分别为8.6、8.3及14.1条;综合3种标记聚类分析将32份萝卜种质在遗传距离为0.30处清晰聚为2大类群,第一类群包含31份种质,均为来自国内的栽培种或姊妹系;第二类群由来自欧洲的黑萝卜MTHS单独构成,聚类结果表现与材料来源、根肉色及根形关系较为密切。3种标记综合聚类与各标记单独聚类图存在一定的差异,综合聚类分析结果更加直观的反映出材料间的亲缘关系图,与园艺学性状的一致性比任何单一标记更高。
关键词： 萝卜 种质资源 遗传多样性 DNA分子标记 聚类分析
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应用AFLP分子标记研究茶树品种新材料
《西南农业学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：利用AFLP分子标记技术对28份茶树品种及新材料进行遗传多样性与亲缘关系的研究。结果表明:14对引物组合对样品进行扩增,共扩增得到851条带,多态性条带648条,多态性比率76.10%,其中有5对引物组合的多态性比率高于80%;通过聚类分析,28份供试材料的遗传关系与茶树的原产地有相关性,在相似系数为0.77时分为两个复合组和一个独立组。0302与早白尖5号、0301、0303及0310均从早白尖群体种中单株选育出来,却独立构成这个独立组,表明了其遗传特异性。
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