科研产出
不同褐化程度茶树组培的转录组分析
《基因组学与应用生物学 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：茶(Camellia sinensis)为山茶属多年生常绿木本植物，内含茶叶多酚类物质，具有广泛的应用。在茶树组织培养过程中，褐化是一个棘手的问题，阻碍茶树快繁体系的建立。为研究茶树外植体褐化过程中的分子机制，以轻、重两种不同褐化程度的茶树外植体为研究材料，运用RNA-seq技术对样品进行转录组测序和功能分析，共筛选出872个差异表达基因(Differentially Expressed Genes,DEGs)，其中507个显著上调，365个显著下调。通过GO和KEGG数据库，对DEGs进行功能注释分析，显示茶树组培褐化过程中与衰老、酶氧化和脂膜代谢等过程密切相关。进一步分析发现，在872个DEGs中，2个酶褐化相关基因、2个细胞色素P450转录因子和2个WRKY转录因子，其表达水平在两个样本间差异显著。本研究发现茶叶组织在组培过程中与酶促褐化相关的潜在基因，为解析茶树组织培养褐化过程的分子调控提供了理论依据。
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基于RNA-Seq技术的茶树响应高温胁迫转录组差异性分析
《分子植物育种 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为探索茶树响应高温胁迫的分子生理学机制,本研究通过转录组和数字基因表达谱技术,对高温胁迫前后的'福鼎大白茶'、'早白尖5号'两组茶树的差异表达进行分析,并基于转录组数据筛选鉴定茶树中与适应高温胁迫相关的保护基因和调控基因.结果显示,项目共测序获得53.7 Gb数据,组装并去冗余后获得的各样本Unigene均超过60 976条,总长度,平均长度,N50以及GC含量分别大于53 974 945 nt,840 nt,1 411 bp和41.36%.使用Blast将Unigene比对到七大功能数据库进行注释,在核苷酸序列信息库(nucleotide collection, NT)中被注释的Unigene序列最多,有109 581 (63.53%)条;高温胁迫后,'福鼎大白茶'高温胁迫(fuHT) vs'福鼎大白茶'常温对照(fuCK)和'早白尖5号'高温胁迫(zaoHT) vs'早白尖5号'常温对照(zaoCK)两个比较组分别筛选获得5 256和5 765个差异性表达基因,其中'福鼎大白茶'上调基因4 379个,下调877个,'早白尖5号'上调基因4 997个,下调768个.将差异基因按GO功能分类,'福鼎大白茶'、'早白尖5号'高温胁迫后差异基因均富集到41个类别中,分属于GO功能分类体系的生物学过程、细胞组分和分子功能.将差异基因进行KEGG功能分析,'福鼎大白茶'、'早白尖5号'两个对比组显著富集的代谢通路(pathway)前3名均为代谢途径、内质网中的蛋白质处理、次级代谢物的生物合成.选取17个在高温胁迫后被诱导的基因,利用实时荧光定量PCR (qRT-PCR)对高通量测序数据进行验证,证明测序结果真实可靠.本研究筛选出大量与高温胁迫相关的响应基因,为下一步耐热茶树新品种的选育提供了更多的理论参考.
关键词： 茶树(Camellia sinensis) 高温胁迫 转录组测序 差异表达基因 qRT-PCR
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玉米转录组学研究进展
《华北农学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：玉米是我国种植面积最大的粮食作物,是人类食物、动物饲料以及部分工业原料的主要来源。获取特定时空基因转录模式信息对于了解与植物特定表型相关基因表达情况至关重要。转录组学分析是当前研究整个基因组在特定时空表达模式的重要研究方法。综述了近年来有关玉米转录组学的研究进展。
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