科研产出
重庆市萝卜芜菁花叶病毒的检测与序列分析
《植物保护学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：为明确重庆市萝卜感染芜菁花叶病毒(Turnip mosaic virus,TuMV)的情况,在重庆市巴南区、九龙坡区、北碚区等14个区县共采集了146份萝卜病毒病样品,采用酶联免疫吸附试验法(enzymelinked immunosorbent assay,ELISA)对病样进行TuMV检测,并通过PCR、克隆和测序等技术获得13个TuMV分离物CP核苷酸序列,利用软件分析重庆市TuMV CP基因序列的相似性,利用系统进化树分析CP基因遗传变异与系统进化。结果表明,共有105份样品的TuMV检测为阳性,检出率为71.9%;所得13个分离物CP基因均为864 bp,测序的13个分离物CP核苷酸相似性为89.1%~99.2%,与国内已报道的TuMV各分离物CP核苷酸相似性在88.3%~99.4%之间;所得的13个分离物均分布在basal-BR和world-B组中,在Asian-BR和basal-B组中均无分布,进一步分析发现有9个分离物属于word-B组,仅4个分离物属于basal-BR组。研究表明,TuMV在重庆市萝卜各种植区普遍发生,且word-B组为重庆市萝卜的优势毒源。
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重庆黄瓜病毒病病原分子鉴定及序列分析
《农业生物技术学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：黄瓜(Cucumis sativus)是世界范围内广泛分布的蔬菜,也是重庆主要经济作物之一。然而2013年以来,在重庆主要黄瓜种植区保护地及露地栽培的黄瓜上陆续发现病毒病症状植株。为明确采自重庆的5份表现植株矮化、叶片皱缩并有花叶、叶片扭曲的黄瓜病毒病的病原,利用11种常见蔬菜病毒特异引物,对样品进行了RT-PCR检测。检测结果表明,从黄瓜样品中扩增到了黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)、南瓜花叶病毒(Squash mosaic virus,Sq MV)、芜菁花叶病毒(Turnip mosaic virus,Tu MV)、西瓜花叶病毒(Watermelon mosaic virus,WMV)和小西葫芦黄花叶病毒(Zucchini yellow mosaic virus,ZYMV)5种病毒,且均为4种及以上病毒的复合侵染。通过PCR、克隆和测序等技术获得WMV和ZYMV外壳蛋白(coat protein,CP)核苷酸序列,对序列进行了系统进化分析。结果表明,WMV重庆分离物WMV-H3与已报道的WMV各分离物CP核苷酸相似性在92.3%~96.9%,并与新疆哈密瓜(Cucumis melo var.saccharinus)上WMV-T-2-9相似性最高,为96.9%;ZYMV重庆分离物ZYMV-H3与安徽合肥分离物ZYMV-Hefei核苷酸相似性最高,为97.7%,与国内外已报道的ZYMV各分离物CP核苷酸相似性在93.0%~97.7%。系统进化树分析表明,44个WMV分离物被划分为5个基因型,WMV-H3属于基因型Ⅲ,WMV遗传变异与地理来源及寄主均存在一定的相关性,且与地域的相关性更强;80个ZYMV分离物被划分为6个基因型,ZYMV-H3属于基因型Ⅲ,ZYMV分离物分布具有一定地域分化。本研究首次研究了Sq MV、WMV和ZYMV在重庆地区黄瓜上的侵染危害,明确了重庆地区黄瓜上的病毒种类及进化起源,为进一步研究黄瓜病毒病分布及有效防控提供了理论依据。
关键词： 黄瓜病毒病 RT-PCR 复合侵染 外壳蛋白(CP)基因 系统进化分析
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