科研产出
曙厉蝽和益蝽线粒体基因组全序列特征及系统发育分析
《生物技术通报 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：【目的】曙厉蝽（Eocanthecona concinna）和益蝽（Picromerus lewisi）是农林业害虫重要的捕食性天敌昆虫资源，为了解其线粒体基因组的特点与差异，探究益蝽亚科昆虫的系统发育关系，对两种蝽类天敌昆虫的线粒体基因组序列进行测定及分析。【方法】通过测序后拼接、校正、注释获得两种蝽的线粒体全基因组序列，并利用最大似然法构建了基于益蝽亚科昆虫13个蛋白质编码基因（protein-coding gene, PCG）序列的系统发育树。【结果】曙厉蝽和益蝽线粒体基因组大小分别为18 740 bp(GenBank登录号：OR979468)和17 181 bp(GenBank登录号：OR972558)，均包括13个PCG、2个核糖体RNA基因（rRNA）、22个转运RNA基因（tRNA）和1个控制区，基因排列与典型的蝽科昆虫相同。曙厉蝽和益蝽线粒体基因组控制区均位于rrnS和trnI之间，长度分别为3 862和2 438 bp，结构差异较大，均包含了不同长度的随机复制区域。对比益蝽亚科昆虫的线粒体基因组全序列和PCG序列的相似度，结果显示同属之间相似度较高，益蝽不同样本PCG序列的相似度超过98%。系统发育分析结果表明益蝽属（Picromerus）的昆虫聚为一支，曙厉蝽、叉角曙厉蝽（E. furcellata）、黑曙厉蝽（E. thomsoni）(GenBank登录号：OP920755)聚为一支，曙厉蝽属与益蝽属的亲缘关系最近，两个属与疣蝽属（Cazira）亲缘关系较远。【结论】明确了两种蝽类天敌昆虫线粒体基因组的特征，构建了益蝽亚科昆虫的系统发育关系，结果与传统分类学鉴定结果一致。
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水稻几丁质酶基因家族的全基因组鉴定及表达分析
《植物生理学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：几丁质酶是一种病程相关蛋白,不但在植物对病原菌和虫害的防御过程中发挥重要作用,也参与了植物对非生物胁迫的应答反应.然而,目前对几丁质酶在水稻应答各种生物和非生物胁迫的相关研究报道相对较少.利用BLASTP和隐马科夫模型(HMM),在水稻基因组中鉴定了49个几丁质酶基因,其中33个几丁质酶基因属于GH18亚家族,16个基因属于GH19亚家族,位于同一亚族的几丁质酶基因结构和保守基序组成相似.染色体定位分析表明,除了 12号染色体以外,水稻几丁质酶基因不均匀地分布在剩下的11条染色体上.53.06%(26/49)的水稻几丁质酶基因发生了复制,其中包括4对片段重复基因和18个串联重复基因.通过RNA-seq数据分析水稻几丁质酶家族基因在不同器官/组织中的表达模式,发现水稻几丁质酶家族基因具有明显的组织特异性表达模式.此外,大部分的几丁质酶基因在叶和/或根中的表达至少受到一种胁迫因子的诱导.总的来说,水稻几丁质酶基因家族的综合分析将有助于进一步了解几丁质酶基因在水稻生长发育中的作用.
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