科研产出
基于RNA-Seq技术的茶树响应高温胁迫转录组差异性分析
《分子植物育种 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为探索茶树响应高温胁迫的分子生理学机制,本研究通过转录组和数字基因表达谱技术,对高温胁迫前后的'福鼎大白茶'、'早白尖5号'两组茶树的差异表达进行分析,并基于转录组数据筛选鉴定茶树中与适应高温胁迫相关的保护基因和调控基因.结果显示,项目共测序获得53.7 Gb数据,组装并去冗余后获得的各样本Unigene均超过60 976条,总长度,平均长度,N50以及GC含量分别大于53 974 945 nt,840 nt,1 411 bp和41.36%.使用Blast将Unigene比对到七大功能数据库进行注释,在核苷酸序列信息库(nucleotide collection, NT)中被注释的Unigene序列最多,有109 581 (63.53%)条;高温胁迫后,'福鼎大白茶'高温胁迫(fuHT) vs'福鼎大白茶'常温对照(fuCK)和'早白尖5号'高温胁迫(zaoHT) vs'早白尖5号'常温对照(zaoCK)两个比较组分别筛选获得5 256和5 765个差异性表达基因,其中'福鼎大白茶'上调基因4 379个,下调877个,'早白尖5号'上调基因4 997个,下调768个.将差异基因按GO功能分类,'福鼎大白茶'、'早白尖5号'高温胁迫后差异基因均富集到41个类别中,分属于GO功能分类体系的生物学过程、细胞组分和分子功能.将差异基因进行KEGG功能分析,'福鼎大白茶'、'早白尖5号'两个对比组显著富集的代谢通路(pathway)前3名均为代谢途径、内质网中的蛋白质处理、次级代谢物的生物合成.选取17个在高温胁迫后被诱导的基因,利用实时荧光定量PCR (qRT-PCR)对高通量测序数据进行验证,证明测序结果真实可靠.本研究筛选出大量与高温胁迫相关的响应基因,为下一步耐热茶树新品种的选育提供了更多的理论参考.
关键词： 茶树(Camellia sinensis) 高温胁迫 转录组测序 差异表达基因 qRT-PCR
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“班菲”脐橙果皮油斑病相关基因的分析
《食品科学 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：柑橘油斑病作为一种普遍发生的柑橘病害,严重影响着果实的外观和商品价值。以晚熟脐橙"班菲"为材料,利用抑制差减杂交技术分别构建油斑病诱导的正反向cDNA文库。文库插入片段多在100~700bp之间,从正反向文库中各随机挑取了150个菌液PCR检测为阳性的克隆进行测序,成功获得了有效ESTs序列292条。通过BLASTx序列比对,有165条ESTs找到了55个基因的同源序列,且E值小于1.0×10-3。GO功能归类结果表明:这些差异表达的ESTs主要涉及氧化还原、抗逆防御、生物和非生物胁迫等多种相关的生物学过程,推测油斑病的形成与氧化胁迫有关。
关键词： 柑橘油斑病 抑制性差减文库 差异表达基因 氧化胁迫 实时定量PCR
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